Korjaustoimiin liittyvää mekaanista puhdistusta voidaan kuitenkin perustellusta syystä tehostaa desinfiointikäsittelyn avulla. Syynä voi olla esimerkiksi hajuhaitan vähentäminen tai elinkykyisten mikrobien tappaminen, kun sitä ei ole voitu mekaanisella puhdistuksella poistaa esimerkiksi viemärivaurioiden korjaamisen yhteydessä. Mahdollisen kemikaalijäämän vähentämiseksi desinfiointikäsittely kohdistetaan vain desinfioitaviin pintoihin.